在借鑒國內外補償機制的基礎上，根據北京市和河北省的生態、經濟、人文歷史等綜合情況，筆者認為，應從構建橫向財政轉移支付制度、理順水資源管理的價格機制、實行流域統一管理運行機制、加強流域水資源法治體系建設等方面，全面建立和完善京冀水資源補償機制。
――構建橫向財政轉移支付制度。所謂水資源補償的橫向轉移支付，指的是為了解決水資源生態外溢效應，按照“誰受益誰付費”的原則，由水資源建設和保護的下游受益地區向上游地區支付一定的補償資金，以促進流域水資源建設和保護的一種財政制度。通過建立水資源補償的橫向財政轉移支付制度，使得上下游地區在水資源建設和保護方面形成市場交換關系，可以實現水資源保護的外部效應內在化，提高流域水資源配置的效率。
河北作為上游地區，其對水資源的保護將使得下游的北京受益，其對水資源的破壞不僅是對河北自身的損害，也會對北京地區產生巨大損害。多年來，經濟相對落后的河北為保護北京地區水資源付出了巨大的努力和犧牲，作為下游經濟較為發達的北京理應與河北通過協商方式確定補償額，通過區際間橫向的財政轉移支付制度給予河北以水資源補償。
――理順京冀水資源管理的價格機制。水資源的價格機制是水資源補償機制有效的利益調節手段。通過水資源價格的調整發揮價值規律的作用，使水資源價格和價值相匹配，真正起到經濟杠桿的作用，可以促進水資源的優化配置，提高水資源的合理開發效率。
目前京冀水資源價格主要存在著定價原則不合理，導致水價標準偏低，沒有真正反映水資源本身的價值、稀缺程度以及環境成本。水資源價格與價值背離導致水資源短缺與浪費局面并存。目前河北省水資源費征收的標準基本上都是2000~2002年期間制定的，普遍偏低。北京市水資源費標準是2004年制定的，平均是每立方米1.36元，沒有充分體現水的資源價值。
科學的水價結構應該是:直接從江河取水的水價包括資源水價和環境水價，使用水工程供水的水價應包括資源水價、環境水價和工程水價。按照國務院辦公廳《關于推進水價改革，促進節約用水保護水資源的通知》（國辦發200436號）的要求，京冀應該建立完善科學的水價體系和管理體制，水價的制定要體現市場經濟運行原則，做到成本補償、合理收益，進一步擴大水資源費征收范圍并適當提高征收標準。按照《水利工程供水價格管理辦法》的規定，將非農業用水價格盡快調整到補償成本、合理盈利的水平。同時優先提高城市污水處理費征收標準，將污水處理費標準調整到保本微利水平。最終形成水資源費、工程供水水價、污水處理費與終端水價之間的合理的比價關系。
――實行京冀水資源統一管理運行機制。目前京冀水資源管理機構重疊、“多龍治水”，管理責任模糊，管理效率較低。建立京冀水資源統一管理運行機制，應進一步明晰流域管理機構定位；應進一步加強海委的流域統一管理職能，修改完善流域規劃，逐步建立流域水資源調度管理體系，實施統一規劃，統一調度和有效監管，實現流域水資源統一管理；對城鄉的防洪、除澇、蓄水、供水、節水、排水、水資源的保護，污水處理及回收利用等進行流域一體化的管理，打破城鄉、部門、地區之間的分別，從“多龍管水”到“一龍管水”，徹底改變過去那種管水的不管供水，管供水的不管排水，管排水的不管排污，管治污的不管回收利用的混亂局面，要把涉水事務統一起來。在此基礎上，建立上下游水資源補償機制和水市場交易體系。
――生態補償資金的來源。就來源而言，目前比較現實而有效的資金渠道主要有：水資源費，北京地區就受讓上游地區轉讓的水資源而收取的水資源費，應當作為上游地區有效供給和保護水資源的基本資金保障；生態補償稅，北京市政府可以在征得中央政府同意的基礎上，開展征收生態補償稅試點，以用水量為征費或課稅對象向用戶征收生態補償稅，以此作為水資源補償資金的一個重要和穩定的來源；財政補償資金等。
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