十三屆全國人大四次會議通過的《中華人民共和國國民經濟和社會發展第十四個五年規劃和2035年遠景目標綱要》明確提出，深入打好污染防治攻堅戰，建立健全環境治理體系，推進精準、科學、依法、系統治污，協同推進減污降碳，不斷改善水環境質量。
做好水生態環境保護工作，必須準確把握新發展階段內涵，找準工作定位，科學謀劃“十四五”目標任務。總體看來，對比“十三五”，“十四五”水生態環境持續改善的總體目標不變，內涵更加豐富和親民。“十三五”關注的重要河湖水體不變，“十四五”任務更加艱巨。水環境治理力度不變，重點工程更注重生態修復。
新發展階段是實現人與自然和諧共生的重要階段。2018年全國生態環境保護工作會議強調，以改善生態環境質量為核心，為人民群眾提供更多優質生態產品。正在開展的重點流域水生態環境保護“十四五”規劃編制工作，從群眾最關心、最期盼的事情做起，著力構建水資源、水生態、水環境“三水”統籌的規劃指標體系。
水資源方面，以生態流量的保障為重點，力爭在“有河有水”方面實現突破。確定了達到生態流量（水位）底線要求的河湖數量、恢復“有水”的河流數量兩項指標。
水生態方面，以維護河湖生態功能需要為重點，力爭在“有魚有草”方面實現突破。確定了水生生物完整性指數、河湖生態緩沖帶修復長度、濕地恢復（建設）面積、重現土著魚類或水生植物的水體數量等4項指標。
水環境方面，有針對性地改善水環境質量，努力在“人水和諧”上實現突破。確定了地表水優良（達到或優于Ⅲ類）比例、劣Ⅴ類水體比例、水功能達標率、城市集中式飲用水水源達到或優于Ⅲ類比例、城市建成區黑臭水體控制比例等5項指標。其中恢復“有水”的河流數量、重現土著魚類或水生植物的水體數量和城市建成區黑臭水體控制比例等3項親民指標是老百姓能切實感受到的。
進入新發展階段，需要構建流域統籌、區域協同的水生態環境治理體系。“十三五”污染防治力度加大，生態環境明顯改善，水生態環境保護工作取得了新的歷史性成就，全面建成小康社會生態環境目標任務高質量完成，“十三五”規劃確定的地表水優良水質比例、劣Ⅴ類水體比例兩項水生態環境約束性指標均超額完成。盡管“十三五”水環境質量明顯改善，但與建設美麗中國的目標相比，水生態環境保護結構性、根源性、趨勢性壓力總體上尚未根本緩解，改善成效并不穩固，水生態環境保護形勢依然嚴峻。“十四五”時期，要著力構建起河湖統領、“三水”統籌、四個“在哪里抓落實”的水生態環境保護工作體系，統籌水資源、水生態、水環境治理，實現“一河一策”，精準治污。
“十三五”時期，圍繞促進實現流域水環境綜合治理目標，重點實施城鎮污水處理設施建設、城鎮垃圾處理及配套等水污染防治工程，實現了水環境大幅改善。隨著綠色發展理念深入落實，“十四五”時期水生態環境保護工作將在水環境治理的同時，更加注重水生態修復。
水環境方面，補齊污水治理基礎設施短板，重點實施城鎮污水處理設施改造、配套管網建設等工程。水資源方面，堅持節水優先，提升水源涵養和水土保持能力，推進河系連通，合理利用引調水，強化再生水循環利用，保障重點河湖生態水量。重點實施水系連通、人工濕地水質凈化等工程。水生態方面，堅持保護優先、自然恢復為主，修復受損河湖水生態系統，增強水生態系統韌性，重點實施河湖生態緩沖帶建設、河湖水生植被恢復等工程。
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