經過長期努力，洱海保護治理取得顯著成效。2006年迄今，洱海水質總體穩定保持在三類，有49個月達到二類。接下來，大理計劃用3年時間，投入30億元，著力實施“兩百個村兩污治理、三萬畝濕地建設、億方清水入湖”三大類重點工程。
目前，洱海已成為全國城市近郊保護得最好的湖泊之一，洱海流域的良好生態環境，成為大理州推進生態文明建設、加快經濟社會發展的重要支撐。
上世紀80年代以來，洱海流域人口不斷增長，造紙、化肥等企業開始興盛，網箱養魚和機動船迅猛發展，使洱海水污染日益嚴重。1996年和2003年，洱海兩次大面積暴發藍藻，水環境與生態功能遭受巨大威脅。特別是2003年3季度，洱海水質急劇惡化，透明度不足1米，降至歷史最低，局部區域水質下降到了地表水四類標準。
近年來，特別是2012年云南省九大高原湖泊水污染綜合防治領導小組會議暨洱海保護工作會議以來，大理州把洱海保護治理放在重中之重的位置，在國家和云南省的支持下，科學規劃、綜合治理，明確責任、常抓不懈，全民參與、立法保護，先后實施了“雙取消”（取消網箱養魚、取消機動漁船）、“三退三還”（退塘還湖、退耕還林、退房還濕地）、“三禁”（禁磷、禁白、禁牧）、“六大工程”（環洱海生態恢復建設工程、污水處理及截污工程、面源污染治理工程、入湖河道和村落垃圾處理綜合整治工程、流域水土保持工程、流域環境管理工程）、“百村”環境衛生綜合整治、洱源生態文明試點縣建設等一系列舉措，洱海保護治理取得了顯著成績。
同時，在經濟社會快速發展的背景下，洱海水環境承載能力面臨巨大挑戰，目前洱海仍然處于富營養化初期和關鍵轉型期，保護治理面臨重要拐點。
洱海流域轄16個鄉鎮、167個行政村，流域總人口83.74萬人。在推進洱海保護治理進程中，農村農業面源污染治理一直是控源減污中最大的難點。經過多年的探索實踐，大理州以調整農業種植結構、治理畜禽養殖污染、實施農村環境綜合整治、推進城鄉生活垃圾一體化管理等重點項目為支撐，撬動洱海全流域農村農業面源污染治理全局。
當前，大理市正在探索農業面源污染防控新模式，采用測土配方平衡施肥、增施有機肥、綠色植保防控等技術，力爭使6萬畝綠色食品基地建設區域內氮肥、磷肥、農藥使用量減少15%以上，有效減少農田富余氮、磷流入洱海。
截至目前，洱海流域已完成1300畝藍莓及2.25萬畝花卉種植，認證無公害農產品基地10萬畝，實施1萬畝農田有機肥替代化肥的試點。年處理生活垃圾21.9萬噸的垃圾焚燒發電廠、年處理畜禽糞便80萬噸的順豐有機肥加工廠正常運行。
長期以來，資金投入嚴重不足成為洱海保護治理最大瓶頸。面對困難。“十二五”以來，大理州圍繞云南省政府批準的洱海流域水污染綜合防治“十二五”規劃，認真實施流域污染源系統控制、入湖河流水污染治理與清水產流機制修復、湖泊水體生境改善、流域環境管理與生態文明建設四大類20項工程49項子項目，不斷加大洱海保護治理的資金投入，堅持“政府主導、社會參與、市場化運作”的原則，積極向上爭取資金，充分挖掘可用財力，創新投融資機制，提高資金保障能力。
大理州從2014年起，每年州級財政安排1億元，大理市安排兩億元，洱源縣安排3000萬元專項用于洱海流域保護治理。隨著資金投入加大，洱海保護治理各項工程不斷提速。截至目前，洱海流域水污染綜合防治49個規劃項目中，已完成工程建設16項，其余33項正在抓緊推進，累計完成規劃投資23.40億元，投資完成率59.68%；累計到位資金21.24億元，資金到位率54.17%。
根據洱海流域保護治理的需要，在規劃項目以外，大理州又投入資金6.39億元，實施了海東片區污水管網建設、水資源綜合調劑利用水庫建設和統籌供水等37個項目。特別是在云南省的大力支持下，大理州全面啟動了以“2333”行動計劃為重點的洱海保護治理工作，把實現洱海ⅱ類水質作為目標，計劃用3年時間，投入30億元，著力實施“兩百個村兩污治理、三萬畝濕地建設、億方清水入湖”三大類重點工程。
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