由于長期接納污染物排放，許多城市河流、湖泊有較深的底泥，沉積了很多營養性有機物。而城市河湖黑臭與河湖底泥有很大關系。
在我國，無論發達地區還是欠發達地區，河湖黑臭現象仍較普遍，而影響河湖黑臭的原因也是多方面的，找到成因才能有效治理。
近年來，我國治污力度不斷加大，污水處理率也不斷提高，但大部分城市及周邊河湖黑臭現狀仍未顯著改觀。造成河湖黑臭的主要原因是20%未經處理的污水直排，導致污染物在河流與湖泊的底泥中沉積。
這20%的直排污水包括污水處理廠的溢流水、分散點源污水、雨污合流產生的面源污水等。造成污水直排的原因是什么，應該如何從源頭控制？
1 污水處理廠運營效果直接影響河流黑臭
從“九五”到“十一五”，我國增加國債發行量以BOT形式吸引外資內資，城市污水處理廠及排水管網建設加快，覆蓋面逐漸擴大。
據《2013年中國環境狀況公報》介紹，截至2013年年底，全國城市污水處理率為89.21%。把縣鎮污水考慮進去，全國城鎮80%的污水被收集進入污水處理廠，得到了處理。
但是，“十五”期間的一個調查表明，我國污水處理廠運營粗放現象較為嚴重。調查有“3個1/3”的粗略結論——1/3運轉良好、1/3運轉不好，1/3不運轉。
這個結論出現后得到了各地廣泛重視，“十一五”期間污水處理廠的運營不斷完善。但在中小城市、縣城、鄉鎮，污水處理廠運營績效仍然存在多方面問題，不達標排放、檢修時污水直排等現象經常發生。
另外，污水處理廠處理能力不足、收集系統不完善、事故等也容易造成污水直排。這導致作為污水處理廠出水受納水體的河湖經常顯現富營養化癥狀。
而河湖黑臭與河湖底泥沉積太多營養性有機物有很大關系。許多河流、湖泊由于長期接納污染物排放，有較深的底泥，其中沉積了較多有機營養物質，遇到攪動、沖淘的時候，持續向水體釋放這些物質。當季節氣候變化水溫升高時，促進形成黑臭現象。
因此，污水處理廠運營效果直接會對河流黑臭產生影響，這使污水處理廠成為環保部門例行監管的重點污染源監管對象。
2 房地產開發與管網建設脫節
長期以來，工業項目、商業項目的環保“三同時”執行效果不錯。但是，房地產開發項目的環保“三同時”制度往往執行的不到位，沒有充分考慮到水環境的破壞和修復處理。
由于城區土地緊張，一些房地產開發項目逐漸遠離主城區，城市排水管網尚未覆蓋。為了商品房的銷售，往往給水管網首先接通，而排水管網建設要延遲相當長一段時間。
房地產開發主要由當地政府主導，配套環境基礎設施建設需要政府協調。比如，污水處理管網建設需要政府投資，污水處理設施用地拆遷工作需要政府統一調度，污水處理廠電網建設需要政府與電力公司協商等。
基于這些原因，一些房地產項目的排水系統沒有能夠與城市整體的排水管網相連通。隨著業主入住，產生的居民生活污水、配套餐飲業和小作坊等污水如果不進行基本的處理，也只能直排，形成黑臭河或黑臭排水溝。
3 城中村、城郊接合部污水直排嚴重
當前我國仍處于快速城鎮化發展階段，污水暫時不能納入城市排水管網的現象是客觀存在的。
比如，城中村的排水。我國絕大多數城市都是在老城市的基礎上發展起來的，由于城市改造、建設規劃的不完善以及在規劃執行中存在偏差，城中村成為我國城鎮化快速發展的產物，廣泛存在。城中村的排水往往沒有能夠與城市管網系統相連，從而形成污水溝、污水河。
城郊接合部的排水。城鎮化的快速發展使城郊接合部的面積不斷擴大，這些地區往往分布著小手工作坊、養殖場等，其污水排放成分復雜。然而，城郊接合部配套排水管網建設進程緩慢，相當多的污水直排，對水體的污染嚴重。
4 一些城市管理者觀念存在偏差
冰凍三尺非一日之寒。當前我國河湖黑臭現象嚴重，是長期以來經濟社會發展以犧牲環境為代價的后果。環境資源使用者還存在環境是免費的公共資源，不占白不占，以最小的環保付出求得利潤最大化的觀念。在主觀認識方面，甚至是一些城市管理者也存在偏差。
比如，一些城市管理者似乎默認了這樣的現實存在：在城市排水管網沒有完善時，不能納入管網的污水可以直排。這種現象體現了管理者得過且過、不作為的態度。
環境治理“以人為本”做得不夠好。靠近黑臭河流的居民，其正常生活受到了影響，環境權益沒有得到尊重和保護。交納了污水處理費，卻沒有享受到環境治理帶來的好處。
城市污水處理存在著不看客觀實際，盲目追求高標準的情況。城市管理者對城市污水處理廠一再要求提標，卻忽視了對20%直排污水應急處理措施的制定。
城市污水應急處理措施不受重視的原因在于，核算污染物減排時，應急處理所削減的污染物量不被納入考核，導致地方政府失去治理的積極性。
鑒于各地污染物總量控制的考核要求，政府是否能夠出臺政策，將應急處理所削減的污染物計入當地污染物削減總量？
5 河湖水質改善責任主體不清晰
河湖黑臭，嚴重影響附近居民的身心健康。然而，治理河湖應該由誰牽頭？在我國“九龍治水”的局面下，治水主體并不明確。
我國新版環境保護法第6條是這樣規定的：一切單位和個人都有保護環境的義務。地方各級人民政府應當對本行政區域的環境質量負責。企業事業單位和其他生產經營者應當防止、減少環境污染和生態破壞，對所造成的損害依法承擔責任。
按照法律條文，地方政府對所轄區域環境質量負責。但是具體是哪個部門牽頭負責，差異很大。
以往，一直有“九龍治水”、“環保不下河”、“水利不上岸”等說法，我國也確實存在這樣的問題。水利部門主要管防洪、防澇、抗旱、調水、節水灌溉等水利事務，城建部門負責污水處理設施建設和運營，都不管河湖污染治理。而環保部門不僅要對河湖水質負責，還要對污水處理設施的正常運營和出水進行監管。
“九龍治水”的格局導致各部門對河湖水體質量改善、生態修復的責任不明確，河湖水質改善的責任主體不清晰，也直接造成對黑臭河湖的治理不力。
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