究其根本，地方政府因保護“行政區經濟”利益犧牲流域水環境為代價，是導致我國跨界水污染問題愈演愈烈的主因。而由于地方分割、部門分割所引發的流域治理碎片化，則是造成我國跨界水污染治理效果不彰的癥結所在。因此，跨界水污染治理實質是一個府際治理問題，其中交織著中央政府與地方政府間、地方政府上下級間、橫向地方政府間、部門政府間以及政府與非政府力量間的多重利益博弈關系。
在市場經濟和法治環境下，建立起跨界水污染治理中的府際協作機制具有重要意義，有助于形成利益兼容的激勵機制與責任共擔的約束機制。具體包括以下四個方面。
首先，中央或高層政府必須把跨界水污染防治成效作為核心指標，納入地方政府官員的政績評價體系，以鼓勵和推動地方政府在跨界水污染防治上的切實合作。由于當前的政績評價取向存在過分強調GDP等經濟硬指標的“形式政績”而忽視環境質量等“實質政績”，注重單個行政轄區的政績考核而缺乏通盤考慮等問題，地方政府出于地方利益最大化的“理性選擇”和“搭便車”的趨利避害心理，必然采取GDP崇拜的競爭策略，而對于跨界水污染治理問題則缺乏動力。
換言之，當面臨形式政績的追求與跨界水污染合作治理時，地方政府官員為了任期政績普遍會作出不合作或中斷合作的選擇。因此，將水污染防治等環保指標納入政府績效考核體系的核心指標中，以構建合理的任期目標責任考核制度。同時，政績考核范圍和指向不能僅限于單個行政區，還應考慮對周圍行政區的貢獻和損失，以此形成“一損俱損，一榮共榮”的利益相關者發展價值取向，從而確保地方政府官員持續關注跨界水污染治理問題。
其次，完善我國流域內區際政府間的利益補償機制，通過利益交換實現地方政府間發展權利的平衡。當經濟發展到一定階段后，流域內地方政府間圍繞先發與后發、產業結構布局、經濟發展與環境保護等，展開了公開乃至白熱化的利益博弈與競爭。從這個角度看，跨界水污染問題實際上反映了流域內區際政府間因發展權利失衡而導致的府際沖突。因此，讓流域內地方政府回歸到理性利益博弈的軌道，必須總結既有經驗，進一步完善區際政府間的利益補償機制：一是流域生態價值評估機制。市場經濟條件下，流域的區際補償應當盡可能地以流域生態價值為依據，加強對流域生態進行實物和價值兩方面的核算，并將其納入國民經濟核算體系，通過對GDP的修正，為流域生態區際補償提供理論基礎。二是水環境保護的財政激勵機制。可由中央或高層政府統籌安排，根據各地區的生態保護優劣來安排財政激勵政策。向所有用水單位、企業、個人征收合理性的水資源保護費，并對水質保護和水質改善成就突出的地區給予財政獎勵。三是橫向財政轉移支付的生態補償機制。由流域內下游政府及直接受益的相關地方政府，通過省際間橫向轉移支付或省內、市際間的橫向轉移支付方式，建立區域生態補償專項基金，用于補償上游政府的區域水資源使用權、生態林業用地使用權、限制傳統工業發展權益等方面的損失以及生態工程管護、自然保護區管護等費用。四是生態補償基金營運機制。補償基金的營運包括補償基金的籌集、轉移支付方式、基金的使用等內容。就基金籌集而言，應改變地方財政收入的單一籌資渠道，可考慮建立統一的生態環境補償稅以消除部門交叉、重疊收費現象。同時建立有社會各界、受益各方參與的多元化、多層次、多渠道的生態環境基金投融資體系。而補償基金的確定，可根據當地人口、GDP總值、財政規模等因素綜合確定一個撥付比例，并保證補償基金能夠不斷按照這一比例得到及時補充。
再次，建立和落實對跨界水污染事故中地方政府一把手的政治問責機制，加大對跨界水環境污染的行政監察和責任追究力度。改革對流域政府的政績評價導向，完善流域政府間的利益補償機制等側重于對跨界水污染的預防和治理，但缺少對水污染事故發生后的問責和責任追究。建立和落實跨界水污染治理的事后懲戒機制，一方面要嚴格落實地方黨政一把手對地方環境質量負總責的制度，并對相關職能部門的負責人啟動行政問責。另一方面，在完善下游生態受益區對上游生態貢獻區的經濟補償機制的同時，要建立跨界水污染的賠償機制。上游區域在經濟發展過程中對下游區域造成污染，致使下游區域飲用水、農作物、土壤受污染時，應當由上游地區政府或排污企業承擔經濟賠償的責任。
最后，構筑跨界水污染治理中政府間伙伴關系的壓力傳導機制，促使跨界水污染問題盡快轉化為政策議題。傳統上，缺少一套政府間伙伴關系的壓力傳導機制，從而難以使跨界污染問題上升為流域政府的迫切政策議題，也是跨界水污染產生的重要原因。鑒于此，應該在上級政府這個單一壓力源之外，構筑一個涵蓋政府、人大、政協、媒體、非政府組織、企業、公民等多方主體參與的壓力傳導機制。這有利于關注跨界水污染的各種呼求通過不同途徑得以釋放，轉而向涉污各方政府施加更多、更大的壓力，并最終達成務必解決的政策議題，使日益嚴峻的跨界水污染問題得到真正重視和解決。
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